Punca letupan tidak dapat ditentukan dengan segera,[12] walaupun media negeri pada awalnya melaporkannya berlaku di gudang bunga api, sementara yang lain meletakkannya di tempat penyimpanan minyak atau bahan kimia.[1][36][3]

Terdapat gudang di pelabuhan yang menyimpan bahan letupan dan bahan kimia termasuk nitrat, komponen biasa baja dan bahan letupan.[37] Ketua Pengarah Keselamatan Awam mengatakan letupan itu disebabkan oleh ammonium nitrat yang dirampas dari Rhosus.[5][16] LBCI mengatakan bahawa, menurut para peserta taklimat Majlis Pertahanan Tinggi, kebakaran itu dinyalakan oleh pekerja yang mengimpal pintu di sebuah gudang[38][39][lower-alpha 2]